The emphasis marks should be outside the ruby:
ルビ
と
圏
けん
nested
点
てん
を
けん
同
てん
時
ルビ
と
圏
けん
点
てん
を
同時
[base]
[inner rt]
[outer rt]
[nested base]
[rt]
[after]
圏点
けんてん
ケンテン
圏点
けんてん
ケンテン
圏点
けんてん
ケンテン
圏点
けんてん
ケンテン
ルビ
と
圏
けん
点
てん
を
けんてん
同
時
ルビ
と
圏
けん
点
てん
を
けんてん
同
時